Музей основан в 1918 г., открыт для посетителей 28 мая 1919 г. В собрании музея более 90 000 экспонатов: уникальная коллекция деревянной скульптуры, древнерусская иконопись, сокровища монастырских ризниц, предметы крестьянского обихода и дворянского быта. В ведении музея находится самый древний архитектурный памятник Центральной России – Спасо-Преображенский собор XII в.
С 2002 г. в центре Переславля работает Культурно-выставочный центр музея, где ежегодно проходит до 20 новых выставок, организуются лекции, концерты, мастер-классы и другие мероприятия.
У музея два филиала: музей-усадьба «Ботик Петра I» и музей «Усадьба Ганшиных». Ежегодно музей и его филиалы посещают более 200 тысяч человек.
Проводятся экскурсии по выставкам и городским памятникам, игровые и историко-художественные программы на любой вкус и возраст. Ежегодные музейные праздники: «Рождество в музее», «Широкая масленица», «Ночь в музее», «Остров детства», «День Военно-Морского Флота» – пользуются неизменной популярностью и собирают тысячи гостей.