В прошедшем году на СЖД было реализовано несколько значимых проектов, основанных на договоренностях с региональными и муниципальными властями.
Так, к празднованию 140-летия Северной железной дороги в городе Ярославле была реконструирована детская железная дорога (общая сумма инвестиций, вложенных СЖД, превысила 200 млн. рублей), капитально отремонтирован вокзал Ярославль Главный, реконструирован участок Волжской Набережной в части, прилегающей к Управлению СЖД. В этих проектах принимала финансовое участие мэрия г. Ярославля.
Важнейшая сфера постоянного взаимодействия региональных властей и представителей СЖД — это организация пригородных железнодорожных перевозок. Сейчас на СЖД действуют договоры об организации пригородных пассажирских перевозок с шестью субъектами Федерации: Архангельской, Ярославской, Костромской, Ивановской, Кировской областями и Республикой Коми. В соответствии с этими договорами стоимость проезда в пригородном железнодорожном транспорте регулируется органами власти субъектов (устанавливается ниже себестоимости), и производятся частичные компенсации выпадающих вследствие такого регулирования доходов. С Правительством Вологодской области такой договор не заключается, убытки регион не компенсирует, пригородный тариф устанавливается железной дорогой самостоятельно.
В целом, из 876,8 млн. рублей убытков, понесенных Северной железной дорогой в процессе организации пригородных перевозок в 2008 году, региональными администрациями были компенсированы 147,14 млн. рублей.